بر اساس منابع موجود منزل و خانقاه شیخ صفی در همین مکان بوده و بنا بر وصیت خود او، پیکرش را در اتاقی کنار خلوت خانه ، باغچه و حوض خانه دفن کردند و بر قبر او بنایی ساختند. ( ابن بزاز، 1373، 988) پس از آن، این مکان اهمیت زیادی پیدا کرد و تعدادی از افراد خاندان صفوی از جمله شاه اسماعیل اول، تعدادی از شیوخ آن دوره و قربانیان جنگهای شیروان و چالدران در جوار مرقد او دفن شدند. شایان ذکر است هسته اولیه مجموعه توسط خود شیخ صفی و حتی شروع تدفین در این مکان نیز در زمان حیات او صورت گرفت. بعدها چون اولاد شیخ صفی دارای شوکت و اقتدار بودند در تکمیل و تزیین مدفن جدشان کوشش نموده و در این میان شاه طهماسب اول به توسعه بقعه و شاه عباس اول و شاه عباس دوم به تزئینات آن توجه و تلاش بسیاری نمودند(علایی علی اکبر، 1342، 34) و برای نگارش کتیبه های آن از خطاطان سرآمد و بزرگ آن دوره همچون میر عماد، میرقوام الدین، محمد اسماعیل، علیرضا عباسی و ... بهره بردند. علاوه بر ارزش هنری و معماری بقعه، که آن را به عنوان یکی از شاهکارهای معماری ایران بدل نموده است، این مجموعه در میان مردم دارای جایگاه عرفانی و مقدس ویژه ای بوده که این موضوع را به خوبی می توان از سفرنامه های سیاحان خارجی ای همچون تاورنیه، اولئاریوس، پیترو دلاواله و ... دریافت نمود.
این مجموعه نفیس با در نظر گرفتن سه معیار اصلی به شرح زیر در پنجم تیر ماه سال ۱۳۸۹ خورشیدی به عنوان یازدهمین اثر ارزشمند تاریخی ایران از سوی یونسکو به ثبت جهانی رسید؛1- نمایش شاهکاری از نبوغ و خلاقیت انسانی، 2- بیان تبادل ارزش های بشری در یک بازه زمانی، در یک منطقه فرهنگی از لحاظ پیشرفت معماری و 3- ارائه نمونه ای برجسته در معماری، فناوری و منظر در مرحله مهمی از تاریخ بشر.
مرحله اول ساخت و سازهای مجموعه از سال 700 ه.ق شروع و تا سال 735 ه.ق یعنی زمان رحلت شیخ صفی الدین اردبیلی ادامه داشت. مهمترین بنای موجود و بقایای ساختمانی این مرحله، تشکیلات مذهبی شیخ صفی متشکل از زاویه ( خلوت سرا - چله خانه - ریاضت خانه) و مقبره فرزندش محیی الدین محمد و فرزند دیگرش تحت عنوان مقبره بچه شیخ ، آشپزخانه، هیمه خانه، طاحونه، بیوتات و دیگر فضاهای مرتبط با آداب مذهبی و امور خدماتی است. (یوسفی، 1395، 69-71) شیخ صفی الدین در زمان حیاتش تمام املاک خود را وقف زاویه ی خود کرد و پسرش صدر الدین را متولی آن قرارداد. (احمدی، 1388، 30)
مجموعه کنونی بقعه شیخ صفی شامل دروازه اصلی یا سردر بزرگ، حیاط بزرگ یا حیاط باغ، مقبره شیخ صفی الدین معروف به گنبد الله الله، حرم خانه یا آرامگاه محی الدین محمد، مقبره یا گنبد شاه اسماعیل، عمارت چینی خانه، مسجد جنت سرا، تالار دارالحفاظ، قندیل خانه یا نمازخانه، ساحت یا صحن اصلی، سردر شاه عباسی، مقابر شاهزادگان و خاندان صفوی، بنای معروف به دارالحدیث، شهیدگاه، حیاط حرم خانه یا مقابر، چله خانه جدید، مجموع آثار معماری مکشوفه در دهه 1370 و دهه 1380 می شود. لازم به ذکر است با توجه به شواهد موجود این مجموعه در گذشته بسیار گسترده تر از وضعیت امروزی بوده است.