این شهر در ۳۲۰۰ سال قبل از میلاد پایه گذاری شده و مردم این شهر در چهار دوره بین سال‌های ۳۲۰۰ تا ۱۸۰۰ قبل از میلاد در آن سکونت داشته‌اند. برای دوره‌ای حدود ۱۴۰۰ سال، زندگی در این شهر جریان داشته است. دوران شکوفایی این تمدن بین سال‌های ۲۵۰۰ تا ۲۲۰۰ قبل از میلاد بوده است که شهر حدود ۵۵۰۰۰ نفر جمعیت داشته است. در این شهر دو گروه عمده کشاورزان و صنعتگران اکثریت را تشکیل می‌داده‌اند.مساحت کلی تپه شهر سوخته حدود ۱۵۲ هکتار است که در یک برآمدگی بین دریاچه هامون و رود هیرمند بنا شده است و ارتفاع متوسط آن از سطح زمین‌های اطراف ۱۲ متر و بلندترین نقطه آن ۱۸ متر ارتفاع دارد.
در گذشته، دریاچه‌ی هامون که امروزه در اثر کم توجهی حال روز خوشی ندارد، دریاچه‌ای پرآب بوده است که موجبات شکل گیری چنین تمدنی را فراهم آورد. جدای از قدمت زیاد، موضوعی که به اهمیت این شهر می‌افزاید، پیشرفتی بوده است که در آن زمان حاصل شده بود و شهر سوخته را در زمره‌ی یکی از پیشرفته‌ترین شهرهای دنیا قرار می‌داد. سند یا کتیبه ای که نام واقعی و قدیمی این شهر را مشخص کند هنوز به دست نیامده و به دلیل آتش سوزی در دو دوره زمانی بین سال های 3200 تا 2750 قبل از میلاد شهر سوخته نامیده می شود. برای اولین بار اورل اشتاین باستان شناس انگلیسی نام شهر سوخته را ذکر کرد. گروه باستان شناسان وابسته به موسسه فرهنگی ایزمئو (موسسه ایتالیایی مطالعات خاورمیانه و خاور دور) در سال ۱۹۶۷ به سرپرستی پرفسور توژی با همکاری مرکز باستان شناسی ایران در محوطه باستانی شهر سوخته کار خود را آغاز کردند و بعد از انقلاب در سال ۱۳۷۴ دور جدید کاوش به سرپرستی دکتر سید صادق سید سجادی آغاز شد.
مهمترین آثار معماری مکشوفه در شهر سوخته خانه‌های موسوم به پلکانی و بنای کاخ سوخته است. هر واحد ساختمانی از یک قسمت مستطیل درست شده که ۵ تا ۶ اتاق دارد و حدود ۱۵۰ تا ۱۶۰ متر زیر بنا داشته است و منازل در مجتمع‌های ۴ و یا ۶ خانه‌ای است.
مصالح اصلی به کار رفته در آن خشت‌های خام منظم گلی است. سقف خانه‌ها معمولاً صاف بوده و از حصیر برای پوشش آن‌ها استفاده شده و گرمای اتاق‌ها به وسیله یک اجاق مرکزی تأمین می‌شده است.
تنها، مسأله ی وسعت نیست که شهر سوخته را به یکی از بزرگترین شهرهای باستانی ایران و خاورمیانه تبدیل کرده است. بلکه یافته‌های متنوع آن باعث تعجب باستان شناسان گردیده است. از جمله:
•    اولین جراحی مغز در ۴۸۰۰ سال پیش در شهر سوخته انجام شده است.
•    ساکنان شهر سوخته کفش تولید می‌کرده‌اند و صنعت کفاشی داشته‌اند.
•    کهن‌ترین انیمیشن (جان بخشی) و تصویر متحرک در شهر سوخته یافت شده است که در این انیمیشن بزی به یک بوته گیاه نگاه می‌کند و از آن بالا می‌رود.
•    یک خط کش چوبی باستانی با دقت نیم میلی متر در شهر سوخته یافت شده است.
•    مردمان آن روز شهر سوخته از شطرنج و تخته نرد استفاده می‌کرده‌اند.
•    مراکز صنعتی مردم شهر سوخته خارج از شهر بوده است.
•    تعدادی لوله‌های سفالی در شهر سوخته پیدا شده که احتمالاً جهت آب‌رسانی یا دفع فاضلاب استفاده می‌شده است.
•    پارچه‌هایی که در شهر سوخته یافت شده مطلقاً در هیچ کجای ایران یافت نشده است.
•    صنایعی مانند ریسندگی، خراطی، معرق‌سازی، مرمرسازی، سفال‌گری، مهرسازی، حصیربافی و ساخت ابزار فلزی در شهر سوخته رواج داشته است.
شهر سوخته مرکز بسیاری از فعالیت‌های صنعتی و هنری بوده، و نمونه‌های جالب و بدیعی از زیورآلات در آنجا به دست آمده است.
شهر سوخته بدون شک جز شهرهای بسیار پیشرفته زمان خود بوده است. این نکته نه تنها در بقایای آثار معماری و کارهای ظریف دستی وصنعتی دیده می شود بلکه در سازمان دهی اجتماعی شهر نیز دیده می شود.
دانش پزشکی هم در شهر سوخته در حد شگفت انگیزی پیشرفت کرده بود تا آن حد که پزشکان این شهر نه تنها از علومی چون شکسته بندی آگاه بوده اند ،بلکه می توانسته اند به اجرای عمل جراحی مغز دست بزنند. اسکلتی از یک دختر در گورستان این شهر به دست آمده است که جای شکستن و ترمیم مجدد استخوان جمجمه کاملا روی آن مشخص است. همچنین بقایای جمجمه ای دیگر با چشم مصنوعی از گورستان این شهر به دست آمده که نشان می دهد پزشکان این شهر به کار جراحی چشم هم وارد بوده اند.
از گور باستانی موسوم به شماره 761 کهن ترین تخته نرد جهان به همراه 60 مهره ی آن در شهر سوخته پیدا شد. این تخته نرد بسیار قدیمی تر از تخته نردی است که در گورستان سلطنتی «اور» در بین النهرین پیدا شده بود.