در بالاي سر در اين بنا كتيبه اي است متعلق به محمد شاه قاجار(احتمالا)كه در ان براي ماليات مردم كاشان تخفيف قايل شده است.هنرهای کاشی کاری، گچ بری، کتیبه نویسی، مقرنس کاری و نقاشی، از جمله متعلقات این بنای عظیم است. کتیبه های خطوط مسجد توسط اساتید برجسته خوشنویس کاشان از جمله: محمد ابراهیم (جد خاندان معارفی)، محمد حسین (جد خاندان ادیب) و بسلمه های طغری توسط سید صادق کاشانی نوشته شده است.این مسجد دارای سردر زیبایی است كه سقف آن با مقرنس های معلق گچی و نقاشی تزئین یافته و دیوارهای جلوخان از كتیبه بالای سردر تا كف تختگاه های طرفین درگاه با كاش های خشتی الوان پوشیده شده است.هیئت اصلی بنا و گنبد و بارگاه با شكوه آن به واسطه عظمت ساختمان و طرح عالی و نقشه بی نظیر به خصوص دقایق و فنون معماری اصیل ایرانی كه در آن بكار برده شده، یكی از بناهای مهم ایرانی اسلامی بشمار می رود.
معماری مسجد و مدرسه آقا بزرگ کاشان
مسجد و مدرسه آقا بزرگ کاشان پس از ورود به محوطه مدرسه، دو صحن فوقانی و تحتانی و حجره های محل سکونت طلاب و گنبد آجری با شکوه و گلدسته های دو طرف آن خود نمایی می کند.۴ پلکان سنگی در ۴ کنج حیاط این قسمت را با بام حجرهها یعنی حیاط فوقانی که همسطح گنبدخانه است، ارتباط میدهد و یک رشته پلکان دیگر در میانه ضلع شمالی به سرداب ارتباط دارد.این سرداب به وسیله هواکشهایی افقی و عمودی به ۲ بادگیر در ۲ قسمت شبستان شمالی راه مییابد و شبستان بدینسان تهویه و تبرید میشود. در پارهای اوقات اختلاف درجه حرارت سرداب با حیاط فوقانی به ۲۰ تا ۲۵ درجه سانتیگراد میرسد.علاوه بر این دو حیاط خلوت، آب انبار بزرگ، شبستان دیگری در پشت گنبد، ساختمان مسجدی که در جنب گنبد واقع است و محراب کاشی کاری واقع در شبستان جنب گنبد که در حقیقت مجموعه ای است از هنرهای کاشی کاری، گچ بری، کتیبه نویسی، مقرنس کاری ونقاشی، از جمله متعلقات این بنای عظیم است.حجرههای مدرسه به اندازه یک پله بلندتر از سطح حیاط تحتانی (گودال باغچه) ساخته شده است. حجره آن از طریق ۴ راهرو جنبی به حیاط راه مییابند و هر کدام دارای یک پستو و یک بخاری است.ضلع رو به روی حیاط حجرهها، اسپری با شبکههای آجری دارد. این اسپرها از دو سوی در قابی مستطیل شکل محصور شده و پنجرهای مشبک در وسط آنها تعبیه شده است.مسجد و مدرسه آقا بزرگ؛ کاشان مسجد آقابزرگ از نظر پلان جزو مساجدی است كه دارای سه شبستان می باشد و نكته مهم وقابل توجه در این محل تلفیق مسجد و مدرسه است. تمامی بنا با آجر ساخته شده تزئینات بكار رفته در آن جذابیت خاصی به این بنا بخشیده استبنای مسجد و مدرسه آقابزرگ در تاریخ یازدهم آذرماه سال 1330 خورشیدی در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.